《三国志9》作为经典策略游戏，除了主线历史事件外，还包含一些鲜为人知的隐藏剧情。其中“最终隐藏剧情”被认为是游戏最神秘的彩蛋之一，只有在特定条件下才能触发。
根据玩家社区多年探索，触发该隐藏剧情需满足以下条件：
成功触发后，诸葛亮会突然向刘备献上一封神秘书信，内容提及“天命已改，汉室难兴”，随后画面变暗，出现一段未在正式版本中出现的动画：诸葛亮独自登上高台，仰望星空，口中念出“谋事在人，成事在天”后消失。
此事件仅能触发一次，且触发后游戏将自动保存，无法回退。
注意：该隐藏剧情并未在官方攻略中明确记载，真实性在玩家间存在争议。部分人认为这是模拟器或修改版游戏产生的异常现象。建议在测试前备份存档。
无论该剧情是否为官方设计，《三国志9》留给玩家的探索空间至今仍令人着迷。这些隐藏元素也体现了经典游戏的魅力所在。