《三国战纪》是经典的街机动作游戏，玩家在闯关过程中会遭遇多位BOSS。以下是主要关卡中BOSS的出场顺序，供参考。
注意：游戏存在多分支路线，不同选择可能导致BOSS出场顺序略有差异。例如，第三关击败赵云后可加入蜀军，否则继续作为黄巾军对抗蜀汉势力。